25 мая (по старому стилю) 1706 г. был подписан именной Указ Петра I о создании первого в России госпиталя, который возглавил Николай Бидлоо – сын амстердамского врача, выпускник Лейденского университета. Приглашенный на службу в Россию в 1702 г., он в должности лейб-медика сопровождал императора Петра I в военных походах.
В начале госпиталь состоял из одного каменного строения с домовой церковью Воскресения Христова и трех десятков деревянных «светлиц», разместившихся в Немецкой слободе на берегу реки Яузы. Они включали в себя анатомический театр, палату алхимика, аптеку, покои для студентов, ученическую, помещения для болящих. Рядом был разбит ботанический сад, в котором выращивались лекарственные растения.
Одновременно с госпиталем открылась и первая в России Госпитальная школа для подготовки врачей «из природных россиян». Уровень обучения в Московской госпитальной школе изначально был весьма высок и не уступал программам западноевропейских университетов. В этот период в Московском госпитале был написан первый отечественный учебник по медицине «Наставление для изучающих хирургию в анатомическом театре» (Н. Бидлоо, 1710). Главное же заключалось в практической подготовке будущих врачей, в обучении студентов у постели больного.
Госпиталь дал России первых отечественных лекарей. В мае 1712 г. Степан Блаженов, Иван Беляев и Егор Жуков получили первые государственные дипломы о медицинском образовании. Первые выпуски дипломированных лекарей полностью отправлялись в армию и на флот.
Из стен Госпитальной школы вышли многие выдающиеся деятели отечественной медицины, заложившие основы российской медицинской науки и практики. В течение 26 лет Госпитальная школа была единственным в России медицинским учебным заведением, в 1786 г. она была преобразована в Московское медико-хирургическое училище, а спустя 13 лет – в Медико-хирургическую академию. До 1710 г. госпиталь являлся единственным лечебным учреждением России, а до открытия Павловской больницы в 1763 г. – единственным лечебным учреждением Москвы.
